Lo scienziato fu imputato sia per aver attribuito come veritieri 
i calcoli copernicani sia per aver contravvenuto al divieto di approvare le tesi di Copernico. Di fronte ai giudici del Santo Uffizio, egli decise di abiurare, inginocchiandosi davanti agli inquisitori. Sette giudici su dieci firmarono la sua condanna. Molti seguaci dello scienziato, però, portarono avanti le sue ricerche, dando origine a nuove evoluzioni. Il 3 luglio del 1981, papa Giovanni Paolo II istituì una Commissione, allo scopo di approfondire il caso di Galileo Galilei. Il 31 ottobre del 1992, il risultato del lavoro del pontefice fu presentato. Esso dichiarò la chiesa colpevole di aver commesso un giudizio soggettivo.
Dunque, la celeberrima frase, <<Eppur si muove!>>, non ha alcuna base storica. E’ stata la tradizione popolare ad aver attribuito all’autore tale asserzione, per cui non esistono prove certe a sostegno di quest’espressione.